Δεν θα περάσει τελικά η Ιόνια Οδός από τη λίμνη Καϊάφα, του Δήμου Ζαχάρως στην Ηλεία. Το Συμβούλιο της Επικρατείας σταμάτησε την κατασκευή του τμήματος της οδού που περνά από τη συγκεκριμένη περιοχή, καθώς αυτή είναι προστατευόμενη από το δίκτυο Natura και εκτιμάται ότι θα υποστεί σοβαρό κίνδυνο από την εκτέλεση του έργου. Οπως επισημαίνουν στο σκεπτικό της απόφασης (2473/2010) οι ανώτατοι δικαστές, εκτός της ένταξης της περιοχής στο δίκτυο Natura 2000, υπάρχει μελέτη περιβαλλοντικών επιπτώσεων, στην οποία αναφέρεται πως από την κατασκευή του έργου της Ιόνιας Οδού ορισμένοι από τους οικισμούς που είναι γύρω από τη λίμνη Καϊάφα θα «υποστούν σημαντικές οχλήσεις».

Ιδιαίτερη έμφαση δίνει η απόφαση και στην προειδοποιητική επιστολή της Επιτροπής της Ευρωπαϊκής Ενωσης προς την κυβέρνηση, στην οποία αναφέρονταν οι σημαντικές επιπτώσεις του έργου στο περιβάλλον της προστατευόμενης περιοχής της λίμνης Καϊάφα.
Στην ίδια επιστολή τονιζόταν ακόμη ότι δεν έχουν ληφθεί τα κατάλληλα μέτρα, με συνέπεια να τίθενται σε σοβαρό κίνδυνο τα οικολογικά χαρακτηριστικά της περιοχής από την εκτέλεση του έργου.
Η Ιόνια Οδός αποτελεί τμήμα του λεγόμενου «Δυτικού Αξονα», είναι ενταγμένη στο Διευρωπαϊκό Δίκτυο Αυτοκινητόδρομων και θα συνδέσει το λιμάνι της Πάτρας με το λιμάνι της Καλαμάτας. Με την απόφαση του ΣτΕ, η οποία κάνει δεκτές της προσφυγές ιδιοκτητών ακινήτων στην ευρύτερη περιοχή, κρίνεται παράνομη η συγκεκριμένη χάραξη της Ιόνιας Οδού. Αυτό σημαίνει ότι στο συγκεκριμένο σημείο η Ιόνια Οδός πρέπει να επαναχαραχθεί, αφού ληφθούν υπόψη οι ιδιαιτερότητες της περιοχής και η ανάγκη προστασίας του φυσικού περιβάλλοντος.